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기재부, 대기업R&D 세액공제 확대 ‘난색’

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기사입력 : 2019.02.08
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3년 연속 초과세수에도 1조원 더 걷으려 성장동력 ‘훼손’

 
당초 예상보다 세금이 더 걷히는 초과 세수가 3년째 이어지고 있다. 그럼에도 불구하고 기업 성장동력과 투자의 핵심인 연구개발(R&D)투자에 대한 정부의 세액공제가 형편없는 수준을 나타내고 있어 조세정책의 전환이 시급해 보인다. 
 
한국경제연구원에 의하면 정부는 R&D 설비투자 세액공제를 2013년 10%에서 2016년부터 1%로 줄였다. 이는 지난 2013년 8조5000억원, 2014년 11조원의 세수 결손이 발생하면서 세제개편을 통해 대기업 세액공제율을 인하했기 때문이다. 연구소 부동산 지방세 감면도 같은 기간 취득·재산세를 100% 감면해주던 것에서 현재는 35%만 감면해주고 있다.
 
한경연 관계자는 “2013년부터 2017년까지 대기업의 R&D 투자공제율이 12.1%에서 4.1%로 8.0%포인트(p) 낮아졌다”며 “중소기업과 달리 대기업 R&D 세액공제제도만 단계적으로 축소했기 때문”이라고 설명했다.
 
R&D 투자공제율이란 R&D 세액공제를 R&D 비용으로 나눈 수치로 R&D 비용이 실제로 얼마나 세액공제 혜택을 받았는가를 나타내는 지표다. 경영계에 의하면 현재 대기업의 일반 연구개발 비용의 세액공제율은 0~2%에 불과하지만, 중소기업은 25%로 차등지원 정도가 최소 12.5배에 달한다.
 
과학기술정보통신부의 ‘연구개발활동조사보고서’에 의하면 지난 2017년 대기업의 R&D 투자액은 39조8038억원으로 당해 전체 R&D(정부·민간 포함)비용 78조7892억원의 절반을 차지했다. 반면 대기업의 R&D와 관련한 세제지원은 지난 2013년부터 단계적으로 축소되어 왔다. 즉 정부가 세금을 더 걷기 위해 대기업 R&D 관련 세제지원을 축소해온 것이다. 
 
그런데 초과세수 규모가 2016년 9조900억원을 기록한 데 이어 2017년은 14조3000억원으로 증가했다. 지난해에는 초과세수가 최소 25조원에서 최대 28조원으로 추정되고 있다. 이러한 상황에서 1조원 미만으로 추정되는 추가세수를 위해 대기업 R&D세액 공제를 크게 낮춘 상태로 유지하는 것은 국가 경쟁력 향상에 도움이 되지 않는다는 지적이 잇따르고 있다.
 
외국의 경우 대·중소기업간 R&D비용 세액공제 차이는 없거나 미미하다는 점이다. 조세재정연구원에 의하면 미국, 프랑스, 이탈리아, 싱가포르 등은 차등지원이 없다. 주변국가인 일본과 중국도 각각 2배, 1.5배에 불과하다.
 
기재부는 대기업 세액공제 확대에 부정적인 입장이다. 세액공제를 확대하면 대기업들이 R&D 투자를 더 늘릴 것인지 확실하게 검증된 것은 없고, 대기업에 비해 자금력 등이 열악한 중소기업에 대해 차등 조세지원을 하는 것을 옳은 방향으로 보고 있기 때문이다.
 
현재 정부는 173개 신성장기술에 대해 R&D 비용 세액공제를 적용하면서 대상항목의 연구개발시 중소기업은 30∼40%, 대·중견기업은 20∼30%의 세액공제를 차등 적용하고 있다. 하지만 지정 대상외의 R&D 투자세액공제는 큰 차등을 두고 있는 상황이다.
 
/2019년 2월 8일 동아경제 신은숙 기자

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